갑상선결절의 미세침흡인세포검사의 진단에 따라서 치료가 달라집니다.
미세침흡인세포검사에서 악성으로 판명되었거나 악성이 의심되는 갑상선결절인 경우 수술로 제거합니다. 갑상선암은 재발이 매우 흔하므로 재발을 막기 위하여 결절이 없는 갑상선까지도 모두 같이 제거하는 경우가 대부분입니다. 갑상선 암 수술 후 방사성동위원소 요오드를 복용하는 추가 방사선치료로 잔여 갑상선조직을 모두 파괴하는 경우도 있습니다.
양성으로 판정되어서 수술을 하지 않고 경과관찰을 하기로 한 결절을 가진 경우 6개월 내지 12개월 마다 진찰과 초음파 검사 등으로 변화를 보아야 합니다. 결절의 크기가 증가하거나 초음파 소견에 새로운 암의 가능성 소견이 보이면 미세침흡인세포진 검사를 다시 받아야 합니다.
갑상선호르몬을 과다 생산하는 결절로 밝혀진 경우 암인 경우는 거의 없으나 갑상선기능항진을 조절하기 위하여 수술 또는 방사성동위원소 요오드로 제거합니다. 하지만 우리나라에서는 갑상선호르몬 과다생성결절은 매우 드뭅니다.