바이러스 폐렴의 예후는 일반적으로 좋습니다. 그러나 드물게 기관지 확장증, 만성 폐섬유증, 일측성 과투과성 폐가 합병되며, 때로는 전격 폐렴을 나타내어 생명에 위험을 초래하거나 폐쇄 세기관지염 및 폐섬유증, 기도 과민증 등 만성 폐질환으로 이행됩니다.
적절한 항균 요법으로 예후는 양호하며 사망률은 1% 미만입니다. 합병증으로는 중이염을 비롯하여 흉막 삼출, 농흉, 폐농양, 무기폐 등 폐 합병증이 흔하고, 패혈증, 수막염 등도 드물게 나타날 수 있습니다.
생존율은 현저히 호전되었으나 아직도 사망률은 10~30%입니다. 폐농양, 농흉, 기관지 확장증, 중이염, 부비동염, 심막염, 패혈증, 수막염, 골수염, 복막염 등이 합병증으로 나타날 수 있습니다.
합병증은 특히 어린 영아에서 흔하며 균혈증, 심외막염, 연조직염, 농흉, 수막염, 화농 관절염이 있습니다.